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一种microRNA探针序列的设计方法专利

时间:2026-08-03    作者:admin 点击: ( 0 ) 次

【摘要】 本发明公开了一种microRNA探针序列的设计方法,包括以下步骤:从基因组序列中收集所有能形成茎环结构的茎种序列;计算各茎种序列及其附近100nt~150nt区域序列所形成的RNA二级结构;根据microRNA前体茎环结构特征对产生的RNA二级结构进行筛选,提取含microRNA的茎环结构;计算含microRNA茎环结构的自由能分布;使用microRNA茎环结构的自由能特征谱确定microRNA前体;使用标准转换关系将microRNA前体二级结构归属为成熟体等效长度;用设定的等效总长度在microRNA前体二级结构中截取microRNA成熟体序列并输出结果。 【专利类型】发明申请 【申请人】南京大学 【申请人类型】学校 【申请人地址】210093 江苏省南京市鼓楼区汉口路22号南京大学生命科学学院生化系1813室 【申请人地区】中国 【申请人城市】南京市 【申请人区县】鼓楼区 【申请号】CN201010518335.4 【申请日】2010-10-26 【申请年份】2010 【公开公告号】CN101979540A 【公开公告日】2011-02-23 【公开公告年份】2011 【授权公告号】CN101979540B 【授权公告日】2013-03-06 【授权公告年份】2013.0 【IPC分类号】C12N15/10 【发明人】王进; 何沉峰; 李颖新; 杨嵘; 严先昭; 龚晨光; 李捷; 周志华; 张辰宇 【主权项内容】一种microRNA探针序列的设计方法,其特征在于,包括以下步骤:步骤(1),从基因组序列中收集所有能形成茎环结构的茎种序列;步骤(2),计算各茎种序列及其附近100nt~150nt区域序列所形成的RNA二级结构;步骤(3),根据microRNA前体茎环结构特征对产生的RNA二级结构进行筛选,提取含microRNA的茎环结构;步骤(4),计算含microRNA茎环结构的自由能分布谱;步骤(5),使用microRNA茎环结构的自由能特征谱确定microRNA前体;步骤(6),使用标准转换关系将microRNA前体二级结构归属为成熟体等效长度;步骤(7),用设定的等效总长度在microRNA前体二级结构中截取microRNA成熟体序列并输出所述microRNA探针序列。 【当前权利人】南京大学 【当前专利权人地址】江苏省南京市鼓楼区汉口路22号南京大学生命科学学院生化系1813室 【统一社会信用代码】12100000466007458M 【引证次数】1.0 【被引证次数】4 【他引次数】1.0 【被他引次数】4.0 【家族引证次数】1.0 【家族被引证次数】4

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